Die Initiative Religion ist Privatsache setzt sich aktiv für das Prinzip der Laizität, also der religiösen Neutralität des Staates, ein, dokumentiert die weitverbreitete Diskriminierung von konfessionsfreien Personen in Österreich und bekämpft diese Ungleichbehandlung. Die Aktivität der Initiative richtet sich somit gegen den starken und nicht mehr zeitgemäßen und oftmals antidemokratischen Einfluss der Religionen sowohl auf die Gesetzgebung als auch auf die Verwaltung, unterstützt jedoch das Recht jeder Person auf eine uneingeschränkte – nach Maßgabe der Bundesverfassung und insbesondere der Europäischen Menschenrechtskonvention (EMRK) – Religionsfreiheit in der Privatsphäre. 

Die Privilegierung der gesetzlich anerkannten Kirchen und Religionsgesellschaften ist auf die historische Position der katholischen Kirche als Staatskirche – in Verbindung mit dem Paritätsprinzip (das Benachteiligungsverbot anderer Religionsgemeinschaften) – zurückzuführen. Wie sich jedoch oftmals gezeigt hat – zuletzt in Verbindung mit der gesetzlichen Anerkennung von Jehovas Zeugen – wird und wurde, um die Privilegien der katholischen Kirche nicht zu beschneiden, einerseits eine Erweiterung des Kreises der Privilegierten Kirchen und Religionsgesellschaften in Kauf genommen, andererseits gerade die Erweiterung dieses Kreises mit allen Mitteln erschwert. Und dabei, wie bereits das Europäische Gericht für Menschenrechte feststellen musste, ging es nicht immer rechtens zu. Die Gegenwart ist von einer (noch) christlich geprägten Gesellschaft, einem zunehmend politischen Islam und dazwischen einer ständig wachsenden säkularen Schicht gekennzeichnet; weitreichende gesellschaftliche Umbrüche und gar ein „Kampf der Kulturen“ scheinen für das 21. Jahrhundert vorprogrammiert zu sein.

Den Spielregeln eines demokratischen Rechtsstaates verpflichtet, legt die Initiative Religion ist Privatsache besonderen Wert auf Medienarbeit und Aufklärung. Für diesen Tätigkeitsbereich ist die Dokumentation und statistische Aufarbeitung von religiös motivierten Diskriminierungstatbeständen im Rahmen der Meldestelle von zentraler Bedeutung. Jedoch der Tatsache bewusst, dass die alltägliche Realität nicht immer mit dem zunehmend säkularen Wertewandel der Gesellschaft standhält, konzentriert die Initiative einen Teil ihrer Aktivität auch auf die juristische Bekämpfung von Pro-Reli Diskriminierungen. 

Die Initiative Religion ist Privatsache bekennt sich zu den Grundwerten einer freien und pluralistischen Gesellschaft, die die Grundrechte aller Personen, ungeachtet ihrer ethnischen Herkunft, Weltanschauung, Geschlecht oder sexueller Orientierung, achtet. Die Initiative ist somit nicht anti-religiös und konzentriert sich lediglich auf die Wahrung der Interessen konfessionsfreier Personen noch im Diesseits. Obwohl die Initiative Religionen, Esoterik und allen anderen Formen der Irrationalität kritisch gegenüber steht, versteht sie sich nicht als atheistische, agnostische oder gar antitheistische Organisation. Das Recht frei von Religion zu leben (negative Religionsfreiheit) muss lediglich genau so geachtet werden, wie das Recht an die Heilige Dreifaltigkeit, Allah, Satan, den Weihnachtsmann oder die Unfehlbarkeit des Papstes zu glauben. 
Die Aktivität der Initiative richtet sich somit gegen den starken und keineswegs zeitgemäßen Einfluss der Religionen auf Politik und Verwaltung, keineswegs jedoch gegen einen etwaigen privaten Herrgottswinkel. Denn Religion ist Privatsache.